在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

理论研究最终结果

1、从光敏教育培养组织中添加DNA交连球胆固醇

只为溶合光交连淀粉酶质-DNApp物中用LC-MS研究，原作者设计没事种性变纯化计划书，可从DNA中去如果不是交连淀粉酶质，仅在灯照时用立即DNA组触及生物富集DNA交连淀粉酶质。用TRIZOL转化成固色质并清掉执行死刑获的非交连淀粉酶，最后将其已经融解以实施RNase助消化酶。用超声检查拷贝应纳税所得额淀粉酶质交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中煮开性变，并在二空气氧化硅抽滤柱上猛烈洗衣机清洗以去如果不是交连淀粉酶质直接左右完毕。用核酸酶工作从DNA中保持光交连淀粉酶，并实施胰淀粉酶酶助消化酶中用LC-MS研究。该最简单的方法命名规则为淀粉酶质交连DNA转化成或XDNAX。

图1.淀粉酶质交连DNA取出或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可之间使用DNA的蛋清质图谱

将光化学交联措施操作于MCF7组织结构，发掘了1,805种侯选人蛋清，这里面1,191种具备于3个或更好地次多个中。60%的DNA充分做用组携带核酸整合在一起的GO注音，在没有核酸整合在一起注音的蛋清质中，最主要的影响来源于核纤层蛋清，另一方面是直接参与染色的质组织结构和组织结构分列的蛋清质（图2）。

图2 . 可直观交往 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了DNA相护帮助组所蕴涵的核营养物质-DNA工具栏和其主要涵盖的核苷酸交连肽。这涵盖因此（1）球状DNA根据组成域、（2）DNA 根据起居不规律区（IDR）和（3）因此与其他的核营养物质（举列组核蛋清根据核蛋清）、RNA（举列剪接指数）或相拆分区室（举列核仁核蛋清）相护帮助而影响的学习环境比较敏感。

图3 . 可直观遇到 DNA的机构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法上皮细胞扰动的时候与DNA切合的转录因素

雌荷尔蒙球蛋白酶激酶α（ESR1）驻流进胞质溶胶中，是直到遇上其配体，触及易位到受损人体神经细胞质，在在哪里它与DNA组中的当前区域内配合以提高当前的转录系统。将血清饥饿的MCF7受损人体神经细胞暴漏于高服用量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）44一分钟，与模拟系统处里的剖析受损人体神经细胞更因此的DNA完美影响组（图4A）。另外，雌荷尔蒙促进后DNA完美影响组中的ESR1提高了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个酶联免疫法的球核苷酸-DNA完美影响中，约有9%表现出少于2倍的显著性发生变化，并留意到与ESR1还具有完美影响的球蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素外理乳腺炎癌血细胞 DNA 互为的作用组的参考值较为（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

实验方案来到DNA组的营养物质质含量质以要了解它是咋样被写入并付诸实行的，持续是研发成员一家长期性的的追。DNA组可及性核心以DNA为服务中心的斜度参与实验方案，而是，到近些年 ，上色质妇科凝胶中的哪几种营养物质质含量质与DNA 进行高中物理彼此之间用处尚不知道。采用零的距离光热塑，可表明DNA彼此之间用处组中的多半数营养物质质含量质，XDNAX高技术将是 营养物质质含量质-DNA彼此之间用处实验方案的强悍器具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白酶质组学、突显组学、产生组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.